Девочка прибывает в Хогвартс, полная радужных надежд и определённых амбиций. В начальной школе она привыкла быть первой в учёбе и не собирается понижать планку. Привыкшая всю интересующую информацию черпать из книг, она уже знает о четырёх факультетах, и даже успела для себя выбрать понравившийся. Распределяющая шляпа, руководствуясь наклонностями Гермионы, советует ей отправиться учиться в Когтевран, но девочка выбирает Гриффиндор.
Вскоре прямолинейная и пунктуальная Гермиона делает для себя неприятное открытие: с ней никто не хочет дружить. Не все учителя (и тем более — далеко не все ученики) приходят в восторг от её знаний, её назидательный тон в разговоре с сокурсниками не способствует завязыванию знакомств, а готовность ответить на любой заданный на уроке вопрос вызывает насмешки. К тому же Гермиона наверняка с первых дней слышала в свой адрес «грязнокровка» (от тех же слизеринцев), и наверняка уже знает значение этого слова. Конечно, девочка пытается держаться, но сил её хватает только до конца октября.
В день Хэллоуина у первого курса был урок Заклинания. В пару Гермионе дали Рона Уизли, у которого никак не выходило заклинание «Вингардиум левиоса». Девочка попыталась подсказать, как правильно произносить слова, но, увы, назидательный тон мальчишке не понравился. «Сама делай», — буркнул Рон, а после урока сказал другу Гарри, что Гермиона — «ходячий кошмар». Она это услышала. И это стало последней каплей. Весь оставшийся день она проплакала в туалете для девочек. И даже не пошла на праздничный пир, поэтому ничего не знала о тролле, напавшем на Школу. Вспомнив, что Гермиона ничего не знает, Гарри и Рон улизнули ото всех и успели запереть тролля. Как минуту спустя они поняли — в том самом туалете, где отсиживалась Гермиона. Пришлось мальчишкам её спасать. Прибежавшим на шум учителям Гермиона (правдивая Гермиона!) врёт прямо в глаза, что вина за нападение на неё тролля лежит только на ней: дескать она сама отправилась посмотреть на тролля, поскольку всё про троллей прочитала и полагала справиться с ним сама. После этого случая Гарри, Рон и Гермиона стали друзьями. 

На летних каникулах Гермиона по своему обыкновению прочитывает учебники на следующий учебный год. Большинство из них принадлежат перу Златопуста Локонса. Девочка, привыкшая верить всему, что пишут в книгах, проникается к автору неподдельным восхищением. Какое счастье, что профессор Локонс будет преподавать у них Защиту от Тёмных искусств!
Однако учёба в Хогвартсе не принесла ожидаемых радостей. Уже через месяц после начала занятий в Школе объявился некий «наследник Слизерина», открывший Тайную комнату и начавший нападать на учеников. Гарри, Рон и Гермиона не менее других студентов ломают голову над тем, кто это может быть. А поскольку в первую очередь подвергаются опасности полукровки и, особенно, маглорождённые, Гермиону это волнует очень сильно. Не только от того, что она сама из маглов. Больше от того, что это ставит одну часть студентов в более опасное положение, чем другую. А это — несправедливо.
Под конец учебного года на нее напал тот самый "Ужас Слизерина", но девочке повезло: она увидела нападавшего в зеркало, а не взглянула ему в глаза, и поэтому только окаменела. В библиотечных книгах девочка вычитала, что "Ужас Слизерина" — это василиск, огромная змея со смертоносным взглядом, также Гермиона догадалась, что передвигаться он может по трубам замка. Слово «трубы» она записала на полях книги о василисках и вырвала страницу из книги, чтобы показать Гарри и Рону. Уже один этот «акт вандализма» со стороны Гермионы, которая чуть ли не преклонялась перед печатным словом, говорит о том, как серьёзно девочка относилась к проблеме. Эту страницу, зажатую в руке Гермионы, нашли Гарри и Рон в одно из посещений больничного крыла. Именно эта запись помогла им понять, кто прячется в Тайной комнате, и победить василиска.

Гермиона проводит каникулы во Франции, но и там не забывает о друзьях. Она посылает Гарри Поттеру с совиной почтой подарок на день рождения. Причём, что примечательно: посылает набор по уходу за метлой. То есть учитывает интересы Гарри, а не дарит то, что нравится ей самой. А себе она покупает кота Живоглота, очень помогшего друзьям в расследовании. Гермиона вообще очень внимательна. Например, когда в «Хогвартс-экспрессе» ребятам встречается спящий в купе взрослый (обычно в поезде едут только ученики Хогвартса), именно Гермиона увидела метки на его вещах и объяснила остальным, что это профессор Люпин. Позже она подмечает и некоторые странные детали в его поведении. А когда Северус Снегг задает эссе об оборотнях, Гермиона, как всегда глубоко проработав тему, окончательно убеждается, что Люпин болен ликантропией. Правда, преподаватель Защиты от Тёмных искусств настолько симпатичен девочке и как учитель, и как человек, что она никому не рассказывает о своих догадках.
На третьем курсе появляются предметы, посещение которых необязательно. Студенты сами выбирают из них те, которые хотят изучать. Гермиона выбрала... все! Чтобы помочь ей бывать на всех уроках, профессор Макгонагалл арендовала в Министерстве магии маховик времени. Теперь девочка может проживать одни и те же часы по нескольку раз, посещая в одно и то же время различные предметы. Это оказалось как нельзя кстати в конце учебного года, когда Гарри и Гермиона вернулись на три часа назад, чтобы спасти Сириуса Блэка от поцелуя дементора, а гиппогрифа Клювокрыла — от казни. Заодно она даёт пощёчину приведшему Клювокрыла к казни Драко Малфою.
Постоянные перемещения во времени и изучение всех предметов сразу настолько измотали Гермиону, что после спасения Сириуса и Клювокрыла она решает уменьшить свои учебные нагрузки. В последний день в Хогвартсе Гермиона встречается с профессором Макгонагалл и отказывается от дальнейшего изучения магловедения (хотя сдала по нему экзамен на 320 процентов) и прорицания, и возвращает Маховик времени.

Летом семья Уизли приглашает Гермиону погостить у них, а заодно и посетить знаменательное в мире волшебников событие — Чемпионат мира по квиддичу. После матча происходит жуткий переполох: Пожиратели напали на лагерь болельщиков, и кто-то запустил в небо Чёрную метку. Гермиона становится свидетельницей того, как министерский работник Барти Крауч бездоказательно обвиняет в этом свою домовуху Винки и увольняет её. Бесправное положение домовиков так потрясает девочку, что отныне она решает посвятить свою жизнь борьбе за их права.
На турнире Трех волшебников приходит к Гарри перед первым заданием и они обнимаются. Это видит Рита Скитер, и фотография появляется в "Ежедневном Пророке". На святочный бал Гермиона идет с Виктором Крамом что вызывает сильнейшую ревность Рона Уизли, который давно был в нее влюблен. После бала они ссорятся. Она и Рон помогают Гарри готовиться к заданиям. Создает так называемую ассоциацию независимости эльфов-домовиков (Г.А.В.Н.Э). Была одним из пленников во втором задании. Как-то Гарри сказал Гермионе "Мне кажется, что эта Скитер какой-то жук. Везде она есть, даже где ее просто не может быть". И тогда Гермиона выяснила, что Рита - незарегистрированный анимаг. Кстати, она превращалась как раз в жука.

Гермиона подаёт идею и фактически создаёт Отряд Дамблдора с Гарри во главе, а позднее пытается отговорить его от вылазок в кабинет Долорес Амбридж, чей метод преподавания вместе с книгой "Теория защитной магии" Слинкхарда она раскритиковала на первом же уроке.
Она принимает участие в попытке "спасти Сириуса" и получает там ранение от руки Пожирателя Долохова. Впрочем, за несколько дней нахождения в больничном крыле под наблюдением мадам Помфри Гермиона полностью выздоровела.

В этом году зельеварение преподает не Северус Снегг, а Гораций Слизнорт. К Гарри попадает старый учебник по зельеварению, где на полях его прежним владельцем записаны ценные советы. Следуя им, Гарри становится лучшим учеником по этому предмету. Что всерьёз задевает чувства Гермионы. Она-то до всего доходит собственным умом! А в результате Гарри становится лучшим в классе, почти ничего для этого не делая. Это настраивает девушку против книги и её прежнего владельца, назвавшего себя «Принцем-полукровкой». Кроме советов по зельеварению, на полях учебника встречаются самодельные заклинания. Их применение тоже не одобряется Гермионой. Она говорит, что у Принца извращённое чувство юмора. Зато Гарри в восторге от того, сколько нового и полезного он узнал от этого «учителя». Интересно, что потом выясняется: Принцем-полукровкой называл себя в школьные годы Северус Снегг. Человек, которого Гарри не любил (а к концу учебного года возненавидел), а Гермиона пыталась объективно оценивать и защищала от нападок Поттера.